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天下第一剑客盖聂，带着已故挚友的儿子荆天明，一路躲避秦王的追杀。在以一人之力击退了秦王派出的三百骑兵之后，荆天明在盖聂的身上看到了真正的侠肝义胆。秦王大怒，命宰相李斯一定要将两人除掉，于是，李斯找到了盖聂同门师兄卫庄，想借他之手，完成自己的使命。 卫庄派出了手下四大天王一路袭击盖聂，而盖聂和荆天明则获得了少羽、高月和墨家众人的鼎力相助，屡屡死里逃生。最终，卫庄将盖聂一行人逼至绝境……

卫庄的手下黑麒麟潜入墨家机关城，夺得机关城内部构造图交给卫庄，卫庄命令黑麒麟在机关城核心的中心水池下毒，之后，黑麒麟化妆成盖聂暗算徐夫子，不但下毒成功，而且使得高渐离对盖聂生疑，将其软禁在房间内。太阳升起，触动了黑麒麟下在水池中的鸩羽千夜，墨家机关城内顿时飘满毒气，墨家弟子死伤惨重。卫高渐离等人躲入墨家墨核，被卫庄团团围困，墨家正遭遇三百年来最大的浩劫……

乱世并未结束，一股强大的力量正在为颠覆大秦而崛起。他们分别是墨家、儒家、道家、法家、兵家、纵横家、阴阳家、医家、农家，历史上称之为诸子百家。如今，天下反秦势力最后的堡垒——墨家机关城，正遭遇三百年来最大的一次危机。